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調停の申立

で良いのではないでしょうか？
裁判所に行けば事務的な事は教えてくれ、
法的な判断というよりも良識的な第三者判断をしてくれると思います.

まずは「初めてなので」と裁判所に行き、
説明を受けて、「難しい」と感じたら、
弁護士や司法書士へ相談をしても良いと思います。

金銭についてももちろんですが、
連絡ノートは、お金で買えないものですし。

他にも諸々の問題等があり、
損害賠償請求的な話題であれば、最初から弁護士が良いと思いますが。

医療過誤等の場合ですと、
奇襲攻撃的に「証拠保全」を最初にします。
カルテ等の証拠を処分や隠ぺいされないように。

上記は、私が当事者ならそうするといった感じです。
単に金銭に関する問題だけでもないと思ったので。

「法テラス」の相談等も視野にいれてみては如何ですか？

■国民生活センターへ相談をもちこみます。
■契約ですので申込みと承諾が基本です。
■センターは法人ですので法務局から登記事項証明を取り寄せます。
■今後手紙を出す場合は代表者と法人の二箇所に送ります。
■センターの償却金額は一方的に貴方の不利になっています。
■このような契約は無効です。
■連絡ノートも国民生活センターへの相談段階で取り戻せます。
■頑張ってください。

　自立支援法に基づくグループホームからの退去トラブルとの前提で、いくつか、指摘させていただきます。公的な相談窓口などにご相談する際の参考にしていただければと思います。

　自立支援法に基づくグループホームの利用者が負担する料金については、「指定障害福祉サービスの事業等の人員、設備及び運営に関する基準」という厚生労働省令や「障害福祉サービス等における日常生活に要する費用の取扱いについて」という厚生労働省通達によって、細かく規定されています（いずれも、ネットで検索できます）。
　そのため、事業者は、これらの規定外の料金を利用者に請求することはできないはずです。入所一時金が、規定に適ったものであるかどうかですが、これは規定外（違法）であるような印象を、私は受けます。
また、仮に貴方が支払った１００万円が規定に適った料金であったとしても、その額と支払いを求める理由について、事業者は、利用者に事前の説明を「書面」によって行ったうえで同意を得なければならない、と先の「通達」では述べています。
　この点で、書面の交付をしていないのですから、手続上、大きな問題があるといえます。
　事業者が「寄付金」名目としたのは、こうした違法性をごまかすため、と指摘できるかもしれません。
　しかし、「寄付」といえるためには、任意性が要件になりますので、貴方にその意思がなかったのであれば、寄付とはいえません。民法の「錯誤無効」または「詐欺」を理由に、全額を取り戻すことができるのではないか、と思われます。
　さらに、寄付金としてその分を法人税非課税として申告しているのであれば、「任意性がなく、寄付ではない」との理由で、事業者は税法違反に問われるかもしれません。

　けれども、強制力をもって返還を実現するには、そのことが法的に証明されなければなりません。それには、証拠も必要になると思います。弁護士または司法書士（本人訴訟の場合）に依頼するのがよいかもしれません。
　　「障害のある人と援助者でつくる日本グループホーム学会」というところが、「グループホーム設置・運営マニュアル」を作成・公表（ネットで検索可）しており、利用者負担金についても、解説しています。上記の法令などとあわせてご参考になるのではないかと思います。
　

ご質問にお答えします。

他の方からも色々アドバイスが出ているので、重複する部分もあるかと思いますが記載します。

まず、相手方の手続きには色々問題が見受けられます。
消費者契約法に反すると思われる部分もあるようです。
ですので、まずは取消権を行使しておくべきと思います。（無効の契約とも言えますが念のため）
この取消権には時効があるので、とりあえず取消権を行使しておくのが良いです。（相手が応じる応じないに関係なく）

取消権は内容証明等、取り消しをした事を証明できるもので行います。
もちろん、その内容証明にノートの返却も含めて請求しても良いでしょう。

上記内容証明で応じないようであれば、法テラスや弁護士会、相談センター等へ相談に行き、お金とノートの返却を求める手続きをされてはどうでしょう。