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　息子を甲、銀行を乙、父親を丙とすると、今回のケースは「甲が住宅資金として乙から借り入れ、その際に甲所有の建物と丙所有の敷地に抵当権を設定する」ということであり、敷地に関しては丙が物上保証人として抵当権を設定する形になります。
　ただし、丙は判断能力・意思能力がはっきりしないという状況であることから、既に任意後見契約を締結している場合はともかくとして、そうでない場合には家庭裁判所に対して成年後見の手続きを行う必要があります。そして、成年後見の開始が認められて、成年後見人（以下、丁とする）が選任されたら、次の段階として甲の住宅資金借り入れのための抵当権設定（特に丙の敷地に対する）ということになります。
　ここで、物上保証人の特徴として自分の財産の上に担保物件を設定したに過ぎないので、債務を負担したわけではありません。従って、担保物件に対する責任を負いますが、債務は負担しないのが一般的です。しかし、甲の債務返済が滞って期限の利益を喪失した場合、乙により抵当権が実行され、甲所有の建物だけでなく丙所有の敷地を失うリスクが生じる可能性があります。
　このため、丁が丙所有の敷地に抵当権を設定するためには、家庭裁判所の許可が必要となります。その際に必要な書類は、「居住用不動産処分許可申立書・抵当権設定契約書（案）・丁の登記事項証明書・住民票・固定資産税評価額証明書」となります。
　実際の判例で、成年後見人による物上保証が不可というのは聞いたことがありませんので何とも言えませんが、懸念材料としては甲の債務支払いが滞った場合の抵当権実行という部分になるかと思います。これについては、住宅資金借り入れの毎月の支払い金額がどのくらいになるのか（ボーナス払いがある場合にはその支払い金額も）、甲の債務支払いが完済まで滞りなくできるということを証明したほうが望ましいと考えます。あとは、最終的に認めるかどうかは裁判官次第と言うことになります。
　いずれにしても、まずは成年後見の手続きを行うことが先決です。抵当権設定の許可が認められるか不安を持っているかもしれませんが、きちんと書面で抵当権設定が丙の利益になることを主張すれば、裁判官も理解を示してくれるかもしれませんので、自信を持ってくださいね。

親しい弁護士さんが後見人に就いていたもので、裁判所から住居の改築が認められたものがありました。
これは、抵当権設定はありませんでしたが、改築費用をすべて被後見人の財産から出損しました。
裁判所の許可を求める際には、現在居住している住居の写真を撮影したものや、改築後の住居の図面等、裁判所から提出を求められている書類以外にも、関係しそうなあらゆる書類を添付した上申書を提出していました。
抵当権の設定だけでなく、例えば、贈与は原則として認められていませんが、負担付贈与の場合ですと、認められていることもあるようで、裁判所は、具体的ケースに応じた、柔軟な対応をしているようです。
本件の場合でも、被後見人の利益のために、必要な負担を負うことを分かってもらえれば、裁判所の許可が出る可能性が、ないとはいえないと思います。
先ずは、後見の申し立てをするにあたり、当初どのような目的のために申し立てをしたいのか、家裁でよく御相談されてはいかがでしょうか。