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ご相談の事案では、あくまでもその行政書士が個人で行っている賃貸業についてのトラブルで、行政書士業務におけるトラブルについてではありませんから、都道府県の行政書士会などに苦情を申し立てるのはちょっと筋が違うと思います。
その方の行為に刑事罰を受けるような違法性があるような点があれば別ですが、お話では民事の契約トラブルとのことですから、あくまでも個人的な問題でして、行政書士会から指導や処罰を受けるような問題では無いと思います。
民事調停か、少額訴訟などを申し立てることをお勧めします

業務に関わることではないと思いますので、行政書士会に苦情を言ってもあまり意味はないように思います。

借りる時に安くす代わりに自然消耗を借主の負担にする約束があったとしても、その約束をあなたが受け入れていないのであればあなたが責任を負うことではないと思います。

念のため、当時の担当者には聞いて置いたほうが良いでしょうが、すでに退職しているようなら、書面にないことを理由にされても意味はないと思います。

最寄りの消費者センターには相談されてみましたか？

一度相談してから裁判の手続きを行うのも方法かと思います。

簡易裁判所の手続きは自分で行うことも可能であると思いますので、一度簡裁の窓口で手続きの相談をされると良いと思います。

ご質問にお答えします。

まず、相談者さんもおっしゃっているように、内容は行政書士として行っているものではありませんので、行政書士会に対応をお願いしても難しいのではないかと思います。
ただし、言うこと自体は自由ですし、言ったからといって敵に回すという事はありません。
行政書士会は行政書士の味方の組織ではなく、行政書士を監視等するための組織です。

不動産仲介のやり方に苦情があるのであれば、その不動産会社の入会している協会や賃貸住宅管理協会等に苦情を申し立てるというのもひとつの方法かもしれません。

訴訟もお考えとの事ですが、額が少なければ小額訴訟という方法もあると思います。
またその際には、実際の差額だけではなく、慰謝料も含めて請求をすることも可能かと思います。

「本来なら自然損耗の回復費用は家賃に含まれる。しかしあなたの場合、不動産屋の要望で当初設定していた金額から家賃を減額しているため、自然損耗分は含んでいない」と言って返済を拒否されました。
との事ですが、それに関しては何か書面に記載はされているのでしょうか？
記載されていなければ、言った言わないの争いで、言ったと主張する側が証明責任を負うので、書面に記載されている「借主が敷金から負担する原状回復費用に自然損耗分は含まない」という記載があるほうが争う上では有利です。

あと、交渉をするのであば、自分の要求をすべて飲ませるのではなく、妥協をする事も考慮されるとよいと思います。
多少の妥協によって、訴訟までに至らず話を終わらせる事ができる場合があります。
（裁判で言うと、長年かけて完全に白黒つけるか、多少譲歩して短期間で和解で終わらせるというような感じです）

都道府県に行政書士協会があります。
苦情として、申告するのも一つの方法です。
今賃貸契約は、敷金、礼金等を取るところは珍しいですね。
原状回復とは、入居者が部屋を自分で改装したり、間取りを変えたり、クロスを張り替えたりした場合は、借りた状態にすることです。
自然損耗は、新品状態で借りて数年経過するば、いろいろは箇所は損耗します。
ですから、汚れていても現状で返せばいいことです。
敷金の返還などについては契約書に記載されていると思います。
訴訟をすることは、貴方の勝手ですが、良く書類を確認して決めた方が得策です。
敗訴したら、膨大な損金を生じます。
まずは、じっくりと話し合い、お互いの言い分を一つ一つ解決することです。
相手を嫌えば、相手も貴方を嫌います、そうすれば解決に向かう道はありません。
行政書士だけら正しいとは限りませんが、あくまでも民事事件ですから、双方の話し合いが一番大事ですよ。
民事には、行政書士や弁護士だけらは関係ありませんよ。