全国の行政書士の検索、求人情報、無料相談掲示板 | 行政書士　相談・求人.COM

詳しい営業実態がわかりませんが、基本的には大臣許可でしょうね。
もしくは東京本店を閉鎖するまでしなくても、建設業を営業しない誓約書を付して神奈川県知事許可申請です。
税理士先生の「東京本店を残すべき」理由は、私にはわかりませんが、やはり実体に則した申請をすべきだと考えます。
自宅と支店が併設しているとのことなので、支店が建設業の営業所機能を果たしていないことの証明は難しいのではないでしょうか？
以前に許可を得ていたとの事ですので、建設業許可に関する事は概ねご理解していらっしゃるかと存じますが、近年の情勢を考えますと、「小細工」に対しては相当突っ込まれるのではないかとおもいます。
税理士先生と具体的な部分を詰めてご判断なされた方がよろしいのではないでしょうか？

税理士が、東京を残せ言った根拠は？それがわからない限り、推論を出ない。

神奈川で許可申請をするにしても、東京本店を閉鎖する必要はありません。

建設業の営業所として、神奈川の事務所を登録するということになります。

ただダブルの事務所ですと、住民税を二箇所で払わねばならないとか、いろいろと不都合がありましょう。

東京の事務所が実質的に機能していないならば、
ムダを排除するとか、お客様に誤解を与えないという意味では、
神奈川に本店移転をするというのがすっきりすると考えます。

税理士先生の意図がわかりませんが、
単に「東京」のブランド維持という意味ならば、
ナンセンスだと考えます。

以前、本店が東京都で主たる営業活動は埼玉県という事例で建設業許可（大臣免許）を取得した経験がございますが、その時の事例に近いと思われます。
ちなみに、この時は、東京都知事免許を取得いたしました。

あくまで、契約を締結する事務所（つまり、本店機能）が、どちらかが、許認可を取るポイントとなります。
ご存じのことと思いますが、何も都知事免許を取得したからといって、「他県での仕事を受注してはいけない」という決まりはなく、契約締結の場所がどこかが、争点となります。

名を取るか、実を取るか、によって申請先が変わってきますが、
もし、東京都知事免許がほしければ、面倒だとは思いますが、東京本店が、実質的な本店機能しているように変えなければなりませんし、
神奈川県知事免許であれば、新規で提出するので、神奈川本店、東京支店に変更し、自宅を本店機能があるように証明しなければいけません。
ただし、新規の場合は、事務所の間取り図や事務所内部写真なども提出する必要があり、自宅と事務所がきっちりと分けられているか等、事務所としての要件を満たさないといけない必要があります。

ですので、もう一度、メリット・デメリットを精査して、考え直してみてくださいね！

また、更新せず失効している場合は、始末書（つまり、ごめんなさいと役所に謝る紙）が必要になり、通常の更新よりも実績の証明や提出書類などは、多くなり面倒にはなります。

もし、建設業の許可で悩まれていらっしゃるなら、地元の状況に詳しい神奈川か東京の建設業に強い行政書士にお願いした方が早いでしょう。
もちろん、当事務所も東京・神奈川の建設業許可の実績はございますので、一考していただければ幸いです。