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　質問がわかりにくいので、ざくっと整理をすると、
あなたの敷金返還という債務（正確には融資なのでしょうが）のために、兄を連帯保証人にして、兄の財産に、あなたの借金のための抵当権を付けたい、と読めるのですが、いかがでしょうか。

　でしたら、裁判所もダメだと言ってるし、基本、無理だと思います。

　兄の借金のために兄の財産に抵当権を付けるならわかりますが、あなたの借金ですよね？

　兄の年齢は存じ上げませんが、兄は、これから、労働によって対価を得ることもできないので、将来を、それを売って、施設等への支払いに充てる必要も出るかもしれません。

　兄にとって、固定資産税の支払が困難なのであれば、それを売却し、今後の施設費用を得る、税の負担を減らすというのが、筋と思われます。

　そこに母が住んでいる、という問題がありますが、この電気代とか、兄の口座から出てたら、内容によっては別の問題が発生します。きちんと整理して下さい。

　他の土地を失う可能性については、それを失うことが、今回、兄の土地をあなたに差し出すことより、兄にとって、かなりのマイナスになると説明できないと、何の材料にもならないような気はします。

　不愉快な回答だとは思いますが、参考になれば幸いです。

大変、お困りのようですね。

成年後見制度の趣旨は、ご理解されてますでしょうか？
簡単に申し上げれば、意思表示が出来ない被成年後見人（この場合、お兄様）の福祉や利益を維持、守る為の制度でもあるのです。
相談者様の利益の為ではないのです。
家庭裁判所が、担保設定はお兄様の利益にならないので、原則不可と回答したのは妥当だと思います。

ご質問の、「原則を覆す事由」の件ですが、場合によっては可能になると思います。
家庭裁判所は、お兄様の利益になるか否かを、総合的にみて判断するはずです。
成年後見制度の趣旨を良く確認、理解した上で、また、相談者様の債務や融資の件は後手にし、お兄様の利益に適う事を前面に出し、真摯な態度で、担保設定の件を家庭裁判所に再度説明されてはいかがでしょうか。
特に、
「今回の融資が下りないと、メイン銀行から担保の処分を求められる可能性が高く、価値の高い、既に担保にはいっている兄の土地を失う可能性もある。」
この事は、重要なポイントになると思います。
お兄様名義の土地に担保設定が必要な理由を、お兄様側の利益に適うと言う趣旨で、家庭裁判所側に納得して貰えるよう説明し、理解して貰えれば担保設定を原則不可とした回答を覆す事は、出来るかも知れません。

大変お辛い状況でしょうが、どうか諦めず、やれるだけの事はしてみて下さい。
応援してます。

千葉市の行政書士です。
私もNo2.の阿久津さんと同意見です。担保権設定は、原則本人の利益にはなりませんが、ご相談者が兄上の租税負担を肩代わりされていて、兄上の不動産に担保権を設定しなければ兄上の負担が増えてしまうわけですから、巡り巡って兄上の利益となる担保権設定と言えなくもありません。
ただ、資料をもって家庭裁判所を説得するのは容易ではありません。
まず、租税負担を肩代わりしている資料と担保権を設定できないときに予想される事態を証明する資料は、最低限準備する必要があるかと思います。
ご健闘をお祈りします。

民法８５９条の３は「成年後見人は、成年後見人に代わって、その居住の用に供する建物又はその敷地について、売却、賃貸、賃貸借の解除又は抵当権の設定その他これらに準ずる処分をするには、家庭裁判所の許可を受けなければならない」と規定します。本件は将にその典型的なケースな訳です。

まず、問題となる担保は、既に設定されている貴方の抵当権に追加的に設定されるものであり、既に設定されている貴方の債務を担保する抵当権が実行され、貴方のお兄さんが土地を失う可能性があるから追加的に担保を設定するという目的のものです。その場合、貴方のお兄さんが受けるのは反射的・二次的な利益であり、一次的な利益は貴方にあるということを念頭に置く必要があります。また、既に設定されている抵当権（額は不明）に加えて３０００万円の抵当権を設定するとすれば、支払不能に陥り、結局、お兄さんの土地を失う結果になる危険性があります。そもそも現在貴方に返済能力がないから、追加的な担保を設定する訳であり、この点を考えれば、お兄さんの負担するリスクは大きいと言えます。ですから、裁判所は許可を与えることを躊躇すると思います。

長野市の行政書士の古谷と申します。
大変お困りのようですので、何かお役に立てればと思い、回答いたします。

すでに他の先生方からのご回答のとおり、裁判所の許可がない限り、担保設定はできません。そこで、許可が出るかどうかですが、担保設定がお兄さんの利益であると立証し、納得してもらうしかありません。ご質問の状況だけで判断はできませんので、専門家に相談されることをお勧めします。その場合は、行政書士は家庭裁判所へ提出する書類は作成できませんので、弁護士、司法書士にご相談されることをおすすめします。